Отдельного механизма, чтобы отвязать товары от раздела-коллекции нет. Т.к. не видим в этом особой необходимости. Этот момент можно решить множествами способов:

1. Использование самого модуля Товарные коллекции в разделах. Мы рекомендуем настроить какое нибудь абсурдное условие коллекции и выполнить переиндексацию. Например "Название = бла бла бла )". И т.к. вряд ли товар с таким названием найдется в вашем каталоге, то все товары отвяжутся.
2. Использование дополнительных модулей, такого как Инфоблоки, инструменты и т.п.
3. Если вы являетесь счастливым обладателем другого нашего модуля Инструменты разработчика, то там тоже имеется групповое действие отвязать товары от раздела.